Un sistema de autocontrol, además de estar basado en los principios del APPCC, necesita incorporar y apoyarse en lo que se denominan las Prácticas Correctas de Higiene (PCH). Estas prácticas consisten en la aplicación y cumplimiento de los requisitos de higiene alimentaria previstos en la normativa legal que deben cumplir los establecimientos alimentarios en función de sus actividades. Estas PCH se basan principalmente en los siguientes pilares, que son también condiciones previas a la implantación de un sistema APPCC: formación,  condiciones y mantenimiento de locales, instalaciones y equipos, limpieza y desinfección, plan de control de plagas, agua de abastecimiento, buenas prácticas de elaboración y manipulación, trazabilidad y control de proveedores.

Un sistema basado en los principios del APPCC busca que los alimentos ofrecidos al consumidor sean seguros, y lo hace mediante la aplicación de un conjunto de procedimientos y métodos preventivos y su puesta en práctica sobre las empresas alimentarias.  Un sistema APPCC, para que se implante eficazmente ha de ser flexible y poder adecuarse a todas las empresas alimentarias independientemente de su tamaño y su posición en la cadena alimentaria.