Entre las ventajas de la aplicación de un sistema de autocontrol, además del objetivo primordial de garantizar la seguridad de los alimentos, se encuentran el favorecer un uso más efectivo de los recursos de una empresa, disminuir gastos al evitar producciones inseguras y permitir a la empresa actuar de forma rápida y efectiva frente a problemas de seguridad alimentaria, aumentando la confianza de sus clientes, de las autoridades sanitarias y evitando un deterioro de su imagen comercial.
Desde el punto de vista comercial, la implantación de un sistema APPCC o un sistema PCH nos permiten mejorar la competitividad, controlar eficazmente las diferentes etapas de los distintos procesos, y se rentabilizan los gastos generados evitando la aparición de problemas de seguridad alimentaria y de imagen consecuente para el negocio.